Ihmisoikeusvaltuuskunta on Ihmisoikeuskeskuksen kansallinen yhteistyöelin. Sen jäseninä toimii 20-40 suomalaista ihmisoikeusalan asiantuntijaa. Valtuuskunnan tehtävänä on edistää eri toimijoiden välistä tiedonkulkua. Se myös käsittelee laajakantoisia ja periaatteellisesti tärkeitä ihmisoikeuskysymyksiä.